Regelmäßige Wetterbeobachtungen wurden auf dem Wendelstein seit dem 8. Oktober 1883 vorgenommen. Die Station 2. Ordnung wurde in 1735m Höhe im damaligen Berghotel von Dr. Erk von der königlich bayrischen meteorologischen Zentralstation München errichtet. Dies war damit die erste Alpenstation im königlich bayrischen meteorologischen Stationsnetz. Die Postbeförderung dieser Station wurde im Winter durch die Mitglieder des Alpenvereins und im Sommer durch die Touristen allgemein durchgeführt.

Seit 1963 ist die Wetterwarte, direkt neben dem Observatorium der LU München, jetzt mit 2m-Spiegel-Teleskop ausgestattet, auf dem Gipfel untergebracht und von Wettertechnikern rund um die Uhr besetzt.

Im kommenden Jahr könnte die Wetterwarte ihr 130-jähriges Bestehen feiern. Dazu wird es nach Planungen des Deutschen Wetterdienstes jedoch nicht mehr kommen, da von staatlich angeordneten Personaleinsparungen auch die Bediensteten der Wetterwarte Wendelstein betroffen sind. Da auf dem Berg, vor allem im Winter, die automatischen Messgeräte wegen beispielsweise starken Eis- und Reifablagerungen ohne konventionelle Wartung nicht funktionieren, soll auf die Weiterführung der Messreihe ab spätestens Herbst dieses Jahres komplett verzichtet werden.

Es stellt sich die Frage, wie gerade in Zeiten des Klimawandels längere, fast ununterbrochene und damit sehr wertvolle Messreihen, die vor allem auf den Bergen z.T. unter schwierigsten Bedingungen entstanden sind, einfach abgebrochen und verworfen werden.

Zudem verliert durch die Schließung der Wetterwarte Wendelstein der gesamte südöstliche bayrische Alpenraum, der zu den stark Hagel- und Lawinengefährteten Gebieten gehört, die einzige höher gelegene Beobachtungs- und Messstelle. Auf die im Internet veröffentlichten Daten greifen neben zahlreichen Tourismusverbänden der Region Chiemsee-Alpenland sowie der Landkreise Rosenheim und Miesbach auch die Lawinenwarndienste und Hagelflieger zu.