Rassegeflügel, insbesondere Hühner- und Wassergeflügel, wurde Jahrhunderte lang im Freiland gehalten und ist daher im Gegensatz zum Wirtschaftsgeflügel (wie z.B. Legehennen, Mastbroiler oder Mastputen) nicht an eine ganztägige Haltung in Ställen oder abgedeckten Volieren adaptiert. Trotz bestmöglicher Umsetzung im Sinne einer guten Haltungspraxis führt eine derartige Aufstallung zu chronischem Stress einhergehend mit Immunsuppression, Auftreten von Faktorenerkrankungen, unerwünschten Verhaltensweisen und Tierverlusten. Während vorangegangener Episoden der Stallpflicht aufgrund von HPAIV-Nachweisen in Deutschland zeigte sich, dass insbesondere bei Groß-, Wasser- und Ziergeflügel vermehrt haltungsbedingte Veränderungen der Federstruktur (zerschlissene Federfahnen), Federpicken und Kannibalismus bis hin zu Todesfällen auftraten. Beim Wassergeflügel ist das Baden im Wasser ein integraler Bestandteil des Komfortverhaltens. Dieses kann in Stallhaltung nicht ausgelebt werden, da die damit verbundene Durchnässung der Einstreu zu einer Keimanreicherung und Verschlechterung des Stallklimas führt, was einer hygienischen Haltungspraxis entgegensteht und das Auftreten von Erkrankungen begünstigt. Hinzu kommt, dass die Eier ohne Bademöglichkeit nicht befruchtet sind und damit die Nachzucht fehlt. Außerdem ist bei größeren Zuchtbeständen der Bau einer Voliere oder Überdachung praktisch unmöglich. Genau deshalb sieht die Geflügelpest-Verordnung die Möglichkeit von Ausnahmegenehmigungen von der angeordneten Stallpflicht vor. Somit sind bei Stallhaltung durch die o.g. Allgemeinverfügung die Anforderungen des Tierschutzgesetzes (verhaltensgerechte Unterbringung) kaum mehr umzusetzen und Tierleid ist durch die Einschränkung der Möglichkeit zu artgemäßer Bewegung zu befürchten. Der Tierschutz ist im Grundgesetz der Bundesrepublik Deutschland als Staatsziel verankert und muss daher beachtet und gegen die erforderlichen Maßnahmen der Tierseuchenbekämpfung sorgfältig abgewogen werden.

Der überwiegende Anteil alter und gefährdeter Geflügelrassen wird heute von Rassegeflügelzüchtern betreut und erhalten, die damit das Nationale Fachprogramm „Tiergenetische Ressourcen in Deutschland“ der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) unterstützen. Durch das landesweite Aufstallungsgebot ist zu befürchten, dass es zur Aufgabe von Erhaltungszuchten kommt und damit genetische Ressourcen unwiederbringlich verloren gehen. Außerdem sind ein einschneidender Rückgang der sinnvollen und traditionsreichen Freizeitbeschäftigung „Rassegeflügelzucht“ und die Auflösung von Rassegeflügelzuchtvereinen, die das Leben im ländlichen Bereich entscheidend bereichern, stark zu befürchten.

Darüber hinaus bedeutet das Verbot der Freilandhaltung des Hühner- und Wassergeflügels, dass die Erzeugung von Eiern und Geflügelfleisch (wie z.B. eines Enten- oder Gänsebratens für Festtage) aus regionaler, naturnaher und verhaltensgerechter Haltung der Vergangenheit angehört.Außerdem dürften Landwirtschaftsbetriebe, die BIO-Eier oder Eier aus Freilandhaltung erzeugen, bald ihren Status verlieren, wenn die Tiere nicht im Auslauf gehalten werden.

In der aktuellen Risikoeinschätzung zur Klassischen Geflügelpest des Friedrich-Loeffler-Institutes (FLI) vom 18. November 2016 wird keine allgemeine flächendeckende, sondern eine risikobasierte Einschränkung der Freilandhaltung von Geflügel empfohlen. Außerdem ermöglicht die Geflügelpestverordnung wie bereits erwähnt den zuständigen Behörden die Genehmigung von Ausnahmen von der allgemeinen Stallpflicht. Die Zuständigkeit für Ausnahmegenehmigungen liegt bei den Lebensmittelüberwachungs- und Veterinärämtern, einhergehend mit der Dienstpflicht zur Prüfung eingegangener Anträge auf Ausnahmegenehmigungen und der Ausübung des Ermessens.

Da Tauben zwar als für HPAIV empfängliche Spezies gelten, aber nach derzeitigen wissenschaftlichen Erkenntnissen aufgrund ihrer Erregerausscheidungsdynamik (kurze Phase der Virusausscheidung mit sehr geringen Virusmengen) keine Rolle bei der Verbreitung der Klassischen Geflügelpest spielen, sollten diese von der Stallpflicht befreit und Taubenausstellungen genehmigt werden.