Die Erstattung der Kosten für die Schülerbeförderung ist ein wesentlicher Beitrag zur freien Wahl der Schule.
Durch die Ablehnung der Erstattung oder Teilerstattung für den Besuch einer anderen Schule als der nächstgelegenen werden die Kinder und Eltern in ihrer Schulwahl erheblich eingeschränkt. Die nächstgelegene Schule könnte beispielsweise MINT-Schwerpunktschule sein, was aber gar nicht im Interesse des Kindes liegt.
Oder - im Beispiel der Gemeinde mit unterschiedlich ans ÖPNV Netz angeschlossenen Ortsteilen - dazu führen, dass Kinder nicht mit mehr mir Freunden/Freundinnen auf die selbe weiterführende Schule können.
Als Beispiel sei hier die Gemeinde Geltendorf im Landkreis Landsberg am Lech genannt:

1. Kinder ALLER Ortsteile können das Gymnasium St. Ottilien besuchen. Grund: es ist die einzige Schule der gewählten Schulart für alle Ortsteile
2. Kinder, die kein Gymnasium in kirchlicher Trägerschaft besuchen möchten oder dort abgeleht werden, werden implizit über die Fahrtkostenerstattung wie folgt aufgeteilt:

• Hauptort Geltendorf und Teilort Walleshausen => Ammersee-Gymnasium Dießen
• Teilorte Hausen und Kaltenberg => IKG Landsberg und DZG Landsberg

Somit werden Kinder, die gerade mal 2 km von einander entfernt wohnen und die die selbe Grundschule besucht haben für den Besuch der weiterführenden Schulen getrennt, weil die Teilorte Hausen und Kaltenberg nicht (mehr) ans Bahnnetz der BRB angeschlossen sind und die Fahrtkosten für Bus + Bahn die gesetzten Grenzen überschreiten.
Nun sollte man meinen, dass das einheitliche 49 EUR Ticket dieser Ungleichbehandlung aufgrund höherer Fahrtkosten ein Ende setzt. Dem ist aber nicht so! Begründung des Kultusministerium in einem Papier an diverse Ministerien und Schulverbände: Die Steuerungswirkung der Fahrtkostenübernahme für die Auslastung der Schulen!
Das heißt jedoch, trotz und gerade mit der Einführung des 49 EUR Tickets wird die Gleichbehandlung der Schüler:innen durch eine weitere Ablehnung der Kostenübernahme massiv eingeschränkt: die zu hohen Kosten können nicht mehr als Begründung für eine Ablehnung herangezogen werden, nun ist es die "Steuerungswirkung".
Wie kann es sein, dass Kinder sogar INNERHALB des selben Landkreises ihre Schule nicht selbst wählen können?
Für die Auslastung der Schulen muss in Zeiten eines einheitlichen Deutschlandtickets eine andere Steuerungsgröße herangezogen werden.
Durch das einheitliche Ticket können Landkreise und Kommunen viel Geld in der Schülerbeförderung sparen - das muss auch für die Familien gelten, deren Kinder eine andere Schule besuchen möchten als "die nächstgelegene der gewählten Schulart"!
Quellen:

• Gesetz über die Kostenfreiheit des Schulwegs (https://www.gesetze-bayern.de/Content/Document/BaySchulKostG/true)
• Verordnung über die Schülerbeförderung (https://www.gesetze-bayern.de/Content/Document/BaySchBefV/true)
• Zeitungsartikel Augsburger Allgemeine (https://www.augsburger-allgemeine.de/bayern/schulbus-bayern-will-weiter-nicht-allen-kindern-den-schulweg-bezahlen-id66205376.html)