Mit der Reformation 1525 wurde die Marienkirche zur evangelischen Hauptkirche in Danzig und verblieb evangelisch bis zum Kriegsende 1945. Der letzte evangelische Pastor an St. Marien, Dr. Gerhard Gülzow, rettete im Herbst 1944 die unermeßlich wertvollen liturgischen Gewänder der Kirche (der Danziger Paramentenschatz) als deutsches Kulturgut vor der anrückenden Roten Armee in den Westen. Zwischenstation war Thüringen. Dort verblieben 183 Teile des Paramentenschatzes und wurden 1961 von der DDR-Regierung nach Polen übergeben. Diese liturgischen Teile befinden sich bis heute im Danziger Nationalmuseum.103 Paramententeile gelangten unter schwierigsten Umständen nach Lübeck. Zunächst im Pastorat an der Lutherkirche von dem hier nunmehr tätigen Pastor Gülzow bewahrt, wurden sie später im Westwerk der Lübecker Marienkirche öffentlich präsentiert. Museologisch war dies auf Dauer ein unhaltbarer Zustand. Daher schloß die EKD – sie war die Rechtsnachfolgerin der 1945 untergegangen evangelischen Gemeinden östlich von Oder und Neiße - mit der Stadt Lübeck einen Vertrag, mit dem die Paramente in das St. Annen-Museum überführt wurden. Über viele Jahre waren Teilparamente in einer eigens für sie gefertigten Paramentenkammer der Öffentlichkeit zugänglich. Aus konservatorischen Gründen wurde die Paramentenkammer jedoch geschlossen. Erst ab 19. Januar 2019 wurden im Museum wieder Teile präsentiert. Unmittelbar vor Beginn der Ausstellung teilte der Ratsvorsitzende der EKD, Bischof Bedford-Strohm auf Nachfrage schriftlich mit, die Kirche beabsichtige nicht, den Danziger Paramentenschatz nach Polen zu übergeben. Um so unverständlicher las sich die Presseerklärung der EKD vom 9. Januar 2023, wonach in einem sog. Letter of Intend vom 8. Januar 2023 festgehalten wurde, die Paramente an die Danziger Marienkirche ohne Gegenleistung zu verschenken. Erschwerend kommt hinzu, daß es in der Danziger Marienkirche keinen Präsentationsort gibt, er muß noch geschaffen werde. Als „Zwischenlösung“ käme demnach nur das Danziger Nationalmuseum in Frage. In einer Reihe von Eingaben an die Leitung der EKD wurde gegen diese Absicht protestiert, u. a. mit einer Presseerklärung vom 27. Februar 2023. Diese Aktionen ließ die Kirchenleitung unbeeindruckt, sie waren bisher erfolglos.